Единственная, кто оказалась в «Команде SOS» не по инициативе Харухи. Юки Нагато была участником литературного кружка, но перешла в команду Судзумии вместе со своей комнатой, которую та отобрала у литературного кружка. Юки всегда невозмутима, спокойна, не проявляет никаких эмоций и, похоже, вообще избегает разговоров — хотя и даёт прямые короткие ответы, когда её спрашивают. Кроме любви к чтению и учёбе, её отличает талант работы с компьютерами, которая доставляет ей настоящее удовольствие. Беспрекословно исполняет приказы Судзумии, как бы глупы они ни были. Обычно носила очки, но перестала после того, как Кён сказал, что без очков она выглядит симпатичней.
Spoiler
На самом деле, Юки не человек, а инопланетянка, «человекоподобный интерфейс», присланный на Землю Межгалактическим Сообществом Объединённых Организованных Информационных Мыслесущностей (МСООИМ/ООИМ) для расследования причины невероятно большого, по их меркам, «информационного взрыва», произошедшего здесь три года назад и исследования способностей Харухи. Юки способна манипулировать потоками данных Вселенной, что на практике даёт ей возможность вносить некоторые модификации в окружающий мир. Практическое применение её способностей так или иначе связано с техникой. Так, в книгах её заклинания являются SQL запросами, а «излечение» Асахины от стрельбы лазером из глаз, Юки производит, вводя в её кровь нанороботов, посредством укуса. Со стороны же может казаться, что она пользуется магией.
В «Исчезновении Харухи Судзумии» Юки успешно украла силы Харухи, и изменила воспоминания людей (в том числе и Судзумии) за последний год по своему вкусу, оставив, однако, последнее слово за Кёном (он мог либо принять новый мир, либо отменить его), что говорит о том, что Юки более могущественна, чем Харухи. Также, в этой Вселенной она единственная, чей характер изменился. Как и прежде, она молчалива и замкнута, но проявляет больше эмоций и активно пытается сблизиться с Кёном, приглашая его к себе домой и пытаясь записать в свой кружок.
